bit가 눈 앞에서 왔다갔다

터미널이 종료돼도 명령어가 백그라운드에서 돌아가도록 하는 screen. 연구하다가 원격 프로그램 꺼지거나 갑자기 컴퓨터가 업데이트 되면 학습되던게 날아가서...ㅎ screen을 사용하게 되었다. (Centos) yum install screen (Unbuntu) apt-get install screen 으로 설치할 수 있다고 하는데, apt-get으로 하면 sudo 권한을 묻고, 나는 sudoer도 아니라서 설치도 안된다. 그래서 그냥 pip install screen 으로 받아줌 1. Screen 생성 # 이름 랜덤 생성 screen # 이름 지정해서 생성 screen -S [이름 또는 번호] 2. Screen 진입 # screen 리스트 출력 screen -ls # 이미 존재하는 스크린에 진입 scr..

3개월 간의 전처리가 끝나고 전처리한 데이터를 드디어 모델에 인풋으로 넣어줬다. 예전부터 교수님이 성능이 잘 안 나올 거라고 하셨어서 '아 성능 때문에 꽤 오래 고생하겠구나' 싶었는데 실제로 실험해보니까 꽤나 잘 나왔다. 심지어 데이터를 다 사용하지 않고 돌려도 잘 나오고 전체 데이터를 사용하면 비교군보다 잘 나옴 2주 연속 미팅 때마다 교수님이랑 "????이게 왜 잘 나왔지???" "?? 이상하게 한 것 같진 않은데??" 이러고 있다. 오늘은 보통 성능이 이렇게 잘 나오면 학생들이 train set에 test set을 포함시킨다거나 하는 실수를 하는 경우가 있다고 하시길래 그건 아닌 거 같다고 말씀드렸다. 진짜 아니긴 함.. 아니라고 했더니 웃으시면서 "아닌 거 같아요?ㅋㅋㅋ"하심.. 컴퓨터 하는 사람..

0_ 환경 Ubuntu 18.04.2 LTS 1_ 사용할 수 있는 쉘 확인 cat /etc/shells # /etc/shells -> 해당 컴퓨터에서 사용이 가능한 쉘들 chsh -l도 가능하다고 들었는데 (change shell) 내 환경에선 안먹혔다. 2_ chsh -s을 활용해 기본쉘 설정 chsh -s /bin/bash password를 입력하고 터미널을 다시 켜면 바뀌어있다 3. .bashrc 작용 안됐을 때 # source 명령어로 .bashrc 적용 source ~/.bashrc # .bash_profile 만들어서 자동 적용 echo "source ~/.bashrc" > ~/.bash_profile

https://korbillgates.tistory.com/226 [생물정보학] vcf 파일 chromosome, position 별로 정렬 sorting 하기 안녕하세요 한주현입니다. 오늘은 vcf 파일을 chromosome 별로 position 별로 정렬 sorting 하는 방법에 대해 알아보겠습니다. 들어가며 가끔 vcf 파일이 다음과 같이 sorting 되어있지 않는 경우가 있는데 korbillgates.tistory.com 알아두면 좋을거 같아서 저장,,, 최고다 진짜...

박사 선배님 한 분이 졸업하시면서 관리하시던 서버를 인수인계 받았다. 교수님이 갑자기 부르셔서 무슨 일이지,,하고 뛰어갔는데 (아직까지 신입생을 전화로 부르신적은 없음) 서버 하나 관리하라고 하셨다. GPU가 엄청 좋은건 아니지만 쓰는 사람도 별로 없고 막 쓸 수 있는거라고 본체도 보고 패스워드도 받아가라 하심. 일 생긴건데(?) 신난다. 나도 sudo 찍을 수 있다. su 찍고 패스워드 찍으면 root된다.

교수님께서 결과 나온 matrix 직접 확인해 봤냐고 물어보셨다. drug마다 어떤 건 response가 높을 거고 어떤 건 낮을 테니, drug마다의 상관관계를 봐야 한다고 하셨다. 내 결과를 보고 언니가 보고 충격받아서 drug간의 correlation을 엄청 오래 따져봤었다는 다른 박사과정 선배님한테 찾아가셔서 꽤 오랜 토론을 하셨다. 그 와중에 신입생은 들을수록 새로웠다. - cell line에 비해 drug는 잘 안나오는게 당연 - 그리고 더 많은 이야기를 하셨는데, 월요일에 정확히 한번 더 물어봐야겠다. 1. column마다 correlation 구하기 가능한 경우들을 대부분 시도해봤다. 다들 고만고만하게 괜찮게 나왔는데 prediction에 대한 것만 상관계수들이 Nan 값이 찍히면서 hea..

논문 하나를 봤는데, MF의 MAE, RMSE, PCC가 너무 높게 나왔다. 교수님께서 공부할 겸, 얼마나 이상한 수치인지를 확인해보라고 말씀하셔서 넹~~ 하고 MF를 엄청 많이 다뤄본 박사과정 선배님한테 조언 구하면서 코딩했다. 내가 만든 모델은 그렇게 엄청난 값을 뱉어냈고, 선배들에게 광대역 어그로를 끈 뒤, 며칠 뒤 관련 분야 논문이 나오는 언니가 도와주셔서(밥 먹다가 0.9 나오는 이야기 듣고 충격 먹으셨다고..) 이상한 상태를 알게되었다. (저 신입생이 MF로 PCC 0.9를 찍었대!! 웅성웅성) (웅성웅성) 소문난 어그로 맛집...ㅠ 제대로 하려면 코딩을 처음부터 다시 짜야하는데, 이건 어쨌든 여기까지의 시행착오, 공부를 정리한 글이다. 1. MF 개념 실수 나는 이렇게 했다고 당당하게 선배님..

개빡친다. 뭐 이런 코드가 다 있을까 싶음. test set, validation set을 똑같이 만들어서 활용한 거부터 경악스러웠는데 명령어를 false로 줘도 true로 입력이 들어가서 원하는 대로 돌아가지도 않음. 무슨 감자처럼 캐도 캐도 계속 이상한 부분이 보임..; 논문은 비교적 빨리 읽었는데, 코드가 멍멍이 같아서 오래 걸리는 것 같다. 경험....이라고 하자...

가상환경 생성 conda create -n (이름) (파이썬 버전 지정) 가상환경 삭제 conda remove --name (이름) --all 가상환경 -> yaml 파일 conda activate (가상환경 이름) conda env export > environment.yaml yaml 파일 -> 가상환경 conda env create --file (이름).yaml solving environment: failed ResolvePackageNotFound: 는 os가 달라서 뜨는 문제, 그 부분 지우고 생성하면 된다 가상환경 리스트 보기 conda info --envs